Tidsskriftet Millennium har fått nye eiere. Onde tunger påstår at tiden har gått fra Mikael Blomkvist, og han lurer på om han burde finne seg noe annet å gjøre.
Lisbeth Salander er rastløs. Hun deltar i et hackerangrep, tilsynelatende uten noen spesiell grunn. Hun tar risikoer hun vanligvis er nøye med å unngå. Det ligner ikke henne.
En sen nattetime får Mikael Blomkvist en telefon. Det er professor Frans Balder, en ledende autoritet innen forskning på kunstig intelligens. Balder påstår at han sitter på revolusjonerende opplysninger om amerikansk industrispionasje som kan ryste verden. Han har dessuten hatt kontakt med en ung, kvinnelig superhacker som har en viss likhet med en person Mikael Blomkvist kjenner godt.
Mikael Blomkvist begynner å håpe at det skupet som han og Millennium sårt trenger er innen rekkevidde. Lisbeth Salander har, som vanlig, sin egen agenda. I Det som ikke dreper oss fortsetter historien. Snart skal deres veier krysses. Enda en gang.
David Lagercrantz' Det som ikke dreper oss er et selvstendig litterært verk inspirert av karakterer og hendelser fra Stieg Larssons univers.