Thomas av Boueberge og hans assistent og læresvenn, den norske unggutten Petter Hortten, blir sendt til Hadekjær gods på Jylland for å undersøke omstendighetene rundt det brutale drapet på ridefogd Hans Halle. Sannheten om mordgåten synes å skjule seg bak et teppe av alkymi og irrasjonelle hendelser, og spørsmålene melder seg: Finnes den absolutte sannheten? Eller forandrer den seg etter hvilket ståsted man observerer fra? Petter Hortten forelsker seg og får problemer med å se om sannheten kan være en løgn? "Den tredje sannhet" er den andre boken om professor Thomas av Boueberge og Petter Hortten. Også i denne romanen er kriminalintrigen bare én side av historien. Kanskje like viktig er formidlingen av de tanker og ideer som rådet i Norden og Europa på 1700-tallet.
